Τα έσοδα του ΚΕΘΕΑ προέρχονται από τη χρηματοδότηση του Υπουργείου Υγείας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης, από δωρεές, από τα εργαστήρια και τις παραγωγικές μονάδες του και από προγράμματα της Ε.Ε. Η κρατική χρηματοδότηση καλύπτει σημαντικό μέρος των δαπανών των προγραμμάτων του ΚΕΘΕΑ, καθώς ο οργανισμός παρέχει τις υπηρεσίες του στους χρήστες ουσιών και στις οικογένειές τους δωρεάν, χωρίς τη συνεισφορά ασφαλιστικών ταμείων.

Στο ΚΕΘΕΑ το κόστος θεραπείας περιορίζεται σημαντικά χάρη στην αξιοποίηση εθελοντών, και ιδίως των εθελοντικών Συλλόγων Οικογένειας των θεραπευτικών προγραμμάτων, αλλά και χάρη στην απουσία βοηθητικού ή φυλακτικού προσωπικού. Οι εργασίες που είναι απαραίτητες για τη διαβίωση στα θεραπευτικά προγράμματα γίνονται από τους συμμετέχοντες και αποτελούν αναπόσπαστο κομμάτι της θεραπείας (καθαριότητα, προετοιμασία γευμάτων, επισκευές, αγορές κ.ά.).

Στο πλαίσιο του ΚΕΘΕΑ λειτουργεί Τμήμα Εσωτερικού Ελέγχου, ενώ ο οργανισμός ελέγχεται σε ετήσια βάση από εταιρεία ορκωτών ελεγκτών. Η ετήσια έκθεσή τους υποβάλλεται στο Υπουργείο Υγείας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης και στο Γενικό Λογιστήριο του Κράτους.