Το θεσμικό πλαίσιο λειτουργίας του ΚΕΘΕΑ (Νόμος περί εξαρτησιογόνων ουσιών 4139/2013),  διασφαλίζει τη διοικητική του αυτονομία, τη δυνατότητα να επιτελεί το έργο του χωρίς πολιτικές εξαρτήσεις και τη συμμετοχικότητα στον τρόπο λήψης των αποφάσεων.

Το ΚΕΘΕΑ είναι αυτοδιοικούμενο νομικό πρόσωπο ιδιωτικού δικαίου.  Ανώτατο θεσμικό του όργανο είναι η Γενική του Συνέλευση, όπου συμμετέχουν περισσότερα από 900 άτομα από όλη τη χώρα: οι εργαζόμενοι, τα μέλη των θεραπευτικών προγραμμάτων στη φάση της κοινωνικής επανένταξης, οι Σύλλογοι Οικογένειας (Δ.Σ.) των προγραμμάτων του ΚΕΘΕΑ και τα  επίτιμα (τέως μέλη) του αιρετού Δ.Σ. του ΚΕΘΕΑ.

Τα μέλη της Γενικής Συνέλευσης προτείνουν τις υποψηφιότητες για τα 9 από τα 11 τακτικά μέλη και τα για τα 3 αναπληρωματικά του Διοικητικού Συμβουλίου του ΚΕΘΕΑ και αποφασίζουν για τη σύνθεσή του με ψηφοφορία. Τα δύο μη αιρετά μέλη του Δ.Σ. προέρχονται από το Εθνικό Συμβούλιο Δημόσιας Υγείας και το το Δ.Σ. του Ινστιτούτου Εκπαιδευτικής Πολιτικής. Το Συμβούλιο έχει διετή και άμισθη θητεία και είναι επιφορτισμένο με τη γενική εποπτεία  της λειτουργίας του οργανισμού. Ορίζει επίσης το Διευθυντή ΚΕΘΕΑ, ο οποίος φέρει τη διοικητική και θεραπευτική ευθύνη για το ΚΕΘΕΑ.

Το Συμβούλιο Πολιτικής ΚΕΘΕΑ (ΣΠΟΚ) απαρτίζεται από την ολομέλεια των εργαζομένων σε θέσεις ευθύνης σε όλη την Ελλάδα (πάνω από 100 άτομα). Ρόλος του είναι η χάραξη των κατευθυντήριων γραμμών πολιτικής του οργανισμού.

Το ΚΕΘΕΑ τελεί υπό την εποπτεία του Υπουργείου Υγείας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης.

Η σύνθεση του Δ.Σ. του ΚΕΘΕΑ για τη διετία 2017-2019 έχει ως εξής:

ΠΡΟΕΔΡΟΣ

Γιώργος Μπαρδάνης, ψυχίατρος, ψυχοθεραπευτής

ΑΝΤΙΠΡΟΕΔΡΟΣ

Ιωάννης Μπέκας, αν. καθηγητής Ποινικών και Εγκληματολογικών Επιστημών του Δημοκρίτειου Πανεπιστημίου Θράκης.

ΤΑΚΤΙΚΑ ΜΕΛΗ (με αλφαβητική σειρά)    

Πέτρος Δαμιανός, μαθηματικός, Διευθυντής Γυμνασίου και Λυκείου στο Ειδικό Κατάστημα Κράτησης Νέων Αυλώνα

Νίκος Κωνσταντάρας,  δημοσιογράφος, αρθρογράφος στην εφημερίδα «Η Καθημερινή» 

Ηλίας Μαμαλάκης, οικονομολόγος, ειδικός σε θέματα γαστρονομίας

Κλήμης Ναυρίδης, ομότιμος καθηγητής Ψυχολογίας της Επικοινωνίας στο Πανεπιστήμιο Αθηνών         

Βάσω Παπαδιώτη Αθανασίου, πρώην αναπληρώτρια καθηγήτρια Ψυχολογίας του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων

Δημήτρης Πλουμπίδης, καθηγητής Ψυχιατρικής στο Πανεπιστήμιο Αθηνών

Ελισσάβετ Συμεωνίδου Καστανίδoυ, καθηγήτρια Ποινικού Δικαίου στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης

ΑΝΑΠΛΗΡΩΜΑΤΙΚΑ ΜΕΛΗ (με αλφαβητική σειρά)        

Όλγα Θεμελή, αναπληρώτρια καθηγήτρια Εγκληματολογικής Ψυχολογίας στο Πανεπιστήμιο Κρήτης

Κωνσταντίνος Κοσμάτος, επίκουρος καθηγητής Εγκληματολογίας στο Δημοκρίτειο Πανεπιστήμιο Θράκης

Μανώλης Χάρος, ζωγράφος και χαράκτης


Ως εκπρόσωπος του Ινστιτούτου Εκπαιδευτικής Πολιτικής ορίστηκε η κ. Μαρία Γελαστοπούλου, εισηγήτρια Ειδικής Αγωγής.