Το θεσμικό πλαίσιο λειτουργίας του ΚΕΘΕΑ (Κώδικας Νόμων για τα Ναρκωτικά 3459/2006),  διασφαλίζει τη διοικητική του αυτονομία, τη δυνατότητα να επιτελεί το έργο του χωρίς πολιτικές εξαρτήσεις και τη συμμετοχικότητα στον τρόπο λήψης των αποφάσεων.

Το ΚΕΘΕΑ είναι αυτοδιοικούμενο νομικό πρόσωπο ιδιωτικού δικαίου.  Ανώτατο θεσμικό του όργανο είναι η Γενική του Συνέλευση, όπου συμμετέχουν περισσότερα από 900 άτομα από όλη τη χώρα: οι εργαζόμενοι, τα μέλη των θεραπευτικών προγραμμάτων στη φάση της κοινωνικής επανένταξης, οι Σύλλογοι Οικογένειας (Δ.Σ.) των προγραμμάτων του ΚΕΘΕΑ και τα  επίτιμα (τέως μέλη) του αιρετού Δ.Σ. του ΚΕΘΕΑ.

Τα μέλη της Γενικής Συνέλευσης προτείνουν τις υποψηφιότητες για τα 9 από τα 11 τακτικά μέλη και τα για τα 3 αναπληρωματικά του Διοικητικού Συμβουλίου του ΚΕΘΕΑ και αποφασίζουν για τη σύνθεσή του με ψηφοφορία. Τα δύο μη αιρετά μέλη του Δ.Σ. προέρχονται από το Εθνικό Συμβούλιο Δημόσιας Υγείας και το το Δ.Σ. του Παιδαγωγικού Ινστιτούτου. Το Συμβούλιο έχει διετή και άμισθη θητεία και είναι επιφορτισμένο με τη γενική εποπτεία  της λειτουργίας του οργανισμού. Ορίζει επίσης το Διευθυντή ΚΕΘΕΑ, ο οποίος φέρει τη διοικητική και θεραπευτική ευθύνη για το ΚΕΘΕΑ.

Το Συμβούλιο Πολιτικής ΚΕΘΕΑ (ΣΠΟΚ) απαρτίζεται από την ολομέλεια των εργαζομένων σε θέσεις ευθύνης σε όλη την Ελλάδα (πάνω από 100 άτομα). Ρόλος του είναι η χάραξη των κατευθυντήρων γραμμών πολιτικής του οργανισμού.

 Το ΚΕΘΕΑ τελεί υπό την εποπτεία του Υπουργείου Υγείας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης.


ΔΙΟΙΚΗΤΙΚΟ ΣΥΜΒΟΥΛΙΟ ΚΕΘΕΑ

Πρόεδρος
Νοταράς Γεράσιμος, κοινωνιολόγος, επικεφαλής του Ιστορικού Αρχείου της Εθνικής Τράπεζας

Αντιπρόεδρος
Μουζέλης Νίκος, Ομότιμος Καθηγητής Κοινωνιολογίας στο London Schoolof Economics

Μέλη
Αρβανίτης Κώστας, δημοσιογράφος, μέλος της ΕΣΗΕΑ.
Μπαρδάνης Γιώργος, ψυχίατρος, ψυχοθεραπευτής, οικογενειακός θεραπευτής.
Μπέκας Ιωάννης, αν.καθηγητής Ποινικών και Εγκληματολογικών Επιστημών στη Νομική Σχολή του Δημοκρίτειου Πανεπιστημίου Θράκης.
Μπρακουμάτσος Παναγιώτης, αντεισαγγελέας εφετών ειδικευμένος στις ποινικές επιστήμες και το σωφρονιστικό δίκαιο.
Τζαννετάκη Τόνια, Επίκουρη Καθηγήτρια Εγκληματολογίας και Σωφρονιστικής στη Νομική  Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών.
Χάρος Μανώλης, ζωγράφος και χαράκτης.
Ψαρρά  Άντα, δημοσιογράφος, μέλος της ΕΣΗΕΑ.

Αναπληρωματικά μέλη
Κατρούγκαλος Γιώργος, συνταγματολόγος, αν. Καθηγητής στο Δημοκρίτειο Πανεπιστήμιο Θράκης, δικηγόρος στονΆρειο Πάγο
Μαλτσίδης Αργύρης, πολιτικός μηχανικός, μέλος του Δ.Σ. του  Μακεδονικού Μουσείου Σύγχρονης Τέχνης Θεσσαλονίκης
Κάτσικας Σωκράτης, καθηγητής του Τμήματος Ψηφιακών Συστημάτων του Πανεπιστημίου Πειραιώς

Ως εκπρόσωπος του ΕΣΥΔΥ στο Διοικητικό Συμβούλιο του ΚΕΘΕΑ έχει οριστεί ο Δημήτρης Καραγιάννης, παιδοψυχίατρος, ψυχοθεραπευτής, επιστημονικός διευθυντής του Ψυχοθεραπευτικού και Εκπαιδευτικού Ινστιτούτου «ΑΝΤΙΣΤΙΞΗ».