Η έρευνα αξιολόγησης στα θεραπευτικά προγράμματα αποτελεί εργαλείο τεκμηρίωσης και επιβεβαίωσης της κοινωνικής επένδυσης αλλά και σημαντικό πεδίο για καινοτομίες: στην έρευνα, στην παροχή υπηρεσιών, στην κοινωνική πολιτική και στις εθνικές στρατηγικές.
Οι ερευνητικές μέθοδοι αξιολόγησης που χρησιμοποιούνται στο ΚΕΘΕΑ περιλαμβάνουν ποιοτικές και ποσοτικές μεθόδους ανάλυσης και σχεδιασμού, οι οποίες ακολουθούν τις προδιαγραφές που έχει εκπονήσει η Παγκόσμια Οργάνωση Υγείας σε συνεργασία με το EMCDDA και το Συμβούλιο της Ευρώπης.
Το σύστημα αξιολόγησης του ΚΕΘΕΑ προβλέπει τόσο εσωτερική όσο και εξωτερική αξιολόγηση.
Η εσωτερική αξιολόγηση περιλαμβάνει το Κεντρικό Σύστημα Ελέγχου Κλινικών Διοικητικών και Οικονομικών Στοιχείων (CMIS), τη διερεύνηση του βαθμού ικανοποίησης των αποδεκτών των υπηρεσιών και της ευρύτερης κοινότητας, την αξιολόγηση των ανθρώπινων πόρων, την αξιολόγηση της διαδικασίας και της αποτελεσματικότητας, τη συνεχή βελτίωση της ποιότητας των παρεχόμενων υπηρεσιών, την ανάλυση κόστους, τον κοινωνικό σχεδιασμό, καθώς και την ικανοποίηση προσωπικού.